2006–2015: V Opavě se opět hraje druhá nejvyšší soutěž
Opava se od sezony 2006/07 vrátila na profesionální úroveň. První dva ročníky se Slezský FC pohyboval v horních patrech tabulky, v roce 2008 mu jen těsně unikl postup do první ligy. Poté ovšem přišel výkonnostní propad, jenž vyústil v šokující sestup do MSFL, který Opavu potkal v roce 2010.
Do nové sezony bylo nutné tým posílit tak, aby v druhé lize byl co nejvíce konkurence schopný. Do klubu se tak vrátili Otakar Novák a Rostislav Kiša. Svou opavskou část kariéry začali psát Zdeněk Partyš, Jan Žídek a mladé talenty, Libor Kozák a Milan Halaška. Práce s mladými hráči v Opavě tak přetrvávala dále již od dob Aloise Sommera.
Klíčová byla ovšem sezona následující, kdy Slezané byli blízko snovému návratu mezi elitu. Po pádu až do krajského přeboru se Opavě naskytla možnost se po třech letech vrátit mezi nejlepší v Česku. Pro finální krok stačilo v posledním zápase Jihlavu. Po prohře 3:2 a výhře Příbrami, se tak radovali příbramští fotbalisté. Potup mohl být o to kouzelnější, když opavský fotbal slavil 100leté výročí. K příležitosti tohoto výročí byl sehrán 28. července 2007 přípravný zápas s Brnem.
Fotbalový um Libora Kozáka neunikl světovým skautům. Jeho přestup do italského Lazia Řím je doposud největším přestupem v historii opavského klubu. Bylo třeba po odchodu kanonýra najít náhradu. Ta se naštěstí pro opavské objevila v dalším mladíkovi, Milanu Halaškovi.
V sezoně 2010/11 Slezský FC potkal poprvé v novodobé historii sportovní sestup do třetí ligy. Do posledního kola přitom Slezský FC vstupoval v pozici, kdy měl situaci ve vlastních rukou. Na hřišti Vlašimi se týmu bohužel nepodařilo získat ani jediný bod, který by vzhledem k ostatním výsledkům znamenal záchranu. Slezský FC získal stejný počet bodů jako tři ostatní týmy, jenže se všemi měl negativní vzájemnou bilanci, která jej nakonec odsoudila k pádu do třetí nejvyšší soutěže.
Návrat však netrval příliš dlouho, když si Slezský třetiligovou sezonu jasně podmanil a v celé soutěži dominoval pouze s jednou prohrou. Tým trenéra Mazury posílený zkušenými hráči René Formánkem a Alešem Chmelíčkem tak velmi rychle slavil návrat do druhé ligy. Do nové sezony pak přišli Vladimír Coufal z Hlučína a David Mikula. Nejvýraznější posilou byl ovšem litevský sniper Tomas Radzinevičius, který byl redakcí webu vFotbal.cz vyhlášen nejlepším cizincem tohoto ročníku druhé ligy a v Opavě působil celkem tři roky.
Sestup do třetí ligy potkal Opavu ještě jednou, a to v sezoně 2013/14. V tomto roce opavské fotbalisty převzal bývalý opavský hráč, Jan Baránek st., který u kormidla Slezanů zůstal až do roku 2016. Jan Baránek začal budovat mužstvo, které mělo vrátit druhou ligu a zůstat v ní jako stabilní člen soutěže. Návrat na druholigovou scénu byl opět v nejkratší možné době. V týmu se už pohybovali hráči jako Václav Jurečka, Tomáš Mrázek, Jan Schaffartzik, Robin Wirth, František Metelka nebo Matěj Hrabina. O sezonu později do Slezského FC přišlo duo, které se výraznou měrou podepsalo na budoucích úspěších. Dohrát kariéru v Opavě přišel bývalý reprezentant, hráč Sparty, Baníku nebo dánské Kodaně, Zdeněk Pospěch. Druhým příchodem byl pak srbský útočník a pozdější kapitán SFC, Nemanja Kuzmanović. Do sestavy se zároveň začal probojovávat teprve 17letý Jakub Janetzký. Po doplnění obráncem Dominikem Simerským vytvořil silnou kostru týmu, na kterou navázal jeho následovník.
Kapitoly historie:
